ЦМОС- состоит из 2-х лабораторий, отдела информации и партии по изучению загрязнения природной среды. Лаборатория наблюдений за загрязнениями поверхностных вод и радиометрия, лаборатория наблюдений за загрязнениями атмосферы являются структурным подразделением ЦМОС Государственным учреждением "Агентство по гидрометеорологии". Первые наблюдения за состоянием природной среды в Таджикистане были начаты в 1938 – 40 годах. Это были наблюдения за химическим составом речной воды, которые проводились на 14 водных объектах, а полученные данные характеризовали естественное состояние природных вод республики. Систематическое изучение атмосферного воздуха, вод, почвы в нашей республике начато в 1963 году. Практически с этого времени Служба контроля за природной средой Таджикистана вела свои наблюдения до 1992 года. После1992 года количество наблюдений резко снизилось. С 1996-1997 года наблюдения начали возобновляться

Лаборатория наблюдения за загрязнениями поверхностных вод и радиометрия

В настоящее время наблюдения ведутся по 5 бассейнам,21 реке, на 41 пункте отбора проб (В 90-х годах наблюдения  велись в 46 реках;  62 пунктах наблюдения; 86 точках отбора проб).
Химический состав воды характеризуется большим числом ингредиентов. Оценка загрязненности поверхностных вод осуществляется на основе периодического (ежемесячного)отбора проб воды и анализа в лаборатории. В анализах используется серия  фотометрических и спектрофотометрических методов. Кроме обязательной программы, в которую входит определение взвешенных веществ, температуры воды,  растворенного кислорода, углекислого газа, биогенных веществ, минерализации, химического потребление кислорода и др., речной воде определялись и специфические загрязняющие вещества  (синтетические поверхностно активные  вещества, хром, медь, фтор и др.).

До начала 90 –х годов радиометрические наблюдения проводились на 27 стационарных постах.
Проводились замеры Гамма излучения и бета активность атмосферных выпадений (17 станций) планшетами.
В настоящее время ведется наблюдение за гамма излучением на 11 станциях.
Приобретаются элементы питания для радиометрических приборов, приборы проходят поверку и ремонт в лаборатории штаба МЧС, осуществляется передача ежеквартальных данных в штаб МЧС.
Как показали наблюдения за загрязнением природной среды ЦМОС, в Таджикистане самыми чистыми реками являются Вахш, Кафарниган, Зеравшан, Пяндж.

Лаборатория наблюдений за загрязнением атмосферы

До 1992 года наблюдения проводились в 7 городах республики: Душанбе(7 ПНЗ); Курган-Тюбе (3 ПНЗ); Худжанде (3 ПНЗ); Яване (2 ПНЗ); Турсун-Заде (3 ПНЗ);Кулябе(1ПНЗ); Калининабаде(2 ПНЗ); где располагались 21 стационарный пост наблюдения (ПНЗ). Проводились маршрутные подфакельные и эпизодические наблюдения автолабараторией «Атмосфера-2»   проводились определения 21 ингредиента. В настоящее время  система  наблюдений сократилась.  Наблюдения  за загрязнением атмосферного воздуха ведутся в 2 городах, на 3 стационарных постах по неполной программе. В городе Душанбе наблюдения проводятся на 2 постах, а в Курган- Тюбе – на 1 посте. Определяется содержание: диоксида серы, диоксида азота, формальдегида, сероводорода, окиси углерода и аммиака.
Ведется запрос о получении более современных методических рекомендаций и руководящих документов для определения загрязняющих веществ в атмосфере.

Отдел информации и партии по изучению загрязнения окружающей среды

В задачу отдела информации входит обеспечение народного хозяйства и других заинтересованных организаций по территории деятельности ЦМОС оперативной и режимной информацией о загрязнении природной среды и составление ежегодников по воздуху и поверхностным водам.

Гидрометцентр

Центр автоматизированной связи

Отдел гидрологии

Отдел метеорологии

Центр изучения изменения климата и озонового слоя

Отдел науки и международных отношений