Высокогорные районы республики являются крупнейшими территориями современного оледенения в странах Центральной Азии. Ледники являются индикатором климатических изменений. Все изменения теплового баланса земной поверхности отражаются на режиме и балансе массы ледников. Ледники являются главным источником формирования водных ресурсов не только Таджикистана, но сопредельных государств – Узбекистан, Киргизия. Доля талых ледниковых вод в суммарном годовом стоке рек  составляет 30 и более процентов, в вегетационный период до 50%. Кроме того, в республике находится около 50 пульсирующих ледников, которые в период активизации приносят огромный ущерб экономике республики и населению. В высокогорной зоне формируется подавляющая часть снежно-ледовых ресурсов республики – основного источника формирования возобновляемых ресурсов пресной воды. Все это предопределяет необходимость гляциологических наблюдений в республике.

Регулярные гляциологические наблюдения на ледниках региона были начаты в конце пятидесятых – начале шестидесятых годов прошлого века в связи с организацией работ по программе Международного геофизического года – МГГ. Именно в тот период были организованы комплексные круглогодичные гляциологические наблюдения на ледниках Федченко (Памир), и других ледниках. В тот же период были начаты регулярные экспедиционные исследования оледенения Памира, Гиссаро-Алая. Материалы наблюдений послужили основой для составления каталога ледников Таджикистана и определения методов прогнозирования подвижки ледника Медвежий.

Экспедиционные гидрографические исследования отдельных районов включают: специальное изучение различных гидрологических явлений и процессов: режима ледников, распределения снежного покрова, русловых процессов, прогноза, обследования и картографирования снежных лавин; прогноза и обследования селевых явлений; изучение режима прорывоопасных озер; гидрографическое обследование водных объектов и геодезические работы на ледниках; маршрутные и аэровизуальные снегомерные работы в горах, исследования селеопасных бассейнов и специализированные исследования на горных реках и озерах.

Первые наблюдения за качеством поверхностных вод в Таджикистане были начаты в 1938 – 1940 гг. В 1990 году служба наблюдений за природной средой включала в себя наблюдения и контроль за уровнем загрязнения поверхностных вод на 46 реках в 65 пунктах отбора проб в 85 точках отбора (а также в 6 озерах и 1 водохранилище), определялось 41 загрязняющих ингредиентов. С 1994 по 1997 гг. наблюдения за состоянием загрязнения поверхностных вод не проводились. Выполнялся химический анализ по определению содержания 17 загрязняющих веществ, включая физические показатели. Наблюдения были возобновлены в 1998 г. и проводились в 24 пунктах отбора, на 15 реках. Выполнялся химический анализ по определению содержания 18 загрязняющих веществ, включая физические показатели. В 2000 году наблюдения за качеством поверхностных вод в Таджикистане проводились по 5 бассейнам, 22 рекам, 1 озеру и на 40 пунктах отбора проб. В воде определялось 22 загрязняющих ингредиента (включая физические показатели). В 2001 году наблюдения проводились по 4 бассейнам (Вахш, Кафирниган, Зеравшан, Сырдарья (Каратаг) на 21 реках и 1 озере (39 пунктов). В воде определялось 39 загрязняющих ингредиентов (включая физические показатели) характеризовали естественное состояние природных вод республики.